北交所的交易方式主要有竞价交易、大宗交易、盘后固定价格交易三种，同时还包含协议转让及证监会批准的其他交易方式，其中竞价交易是最核心主流的方式，覆盖日常多数交易场景。
竞价交易是北交所最基础的交易方式，分为开盘集合竞价、连续竞价与收盘集合竞价三个阶段，9:15至9:25为开盘集合竞价，9:20至9:25不可撤单，集中撮合生成开盘价；9:30至11:30、13:00至14:57为连续竞价，按价格优先、时间优先原则实时撮合成交，投资者可使用限价单与市价单，且设有价格笼子机制，买入申报不高于基准价105%，卖出申报不低于基准价95%，防止价格大幅偏离；14:57至15:00为收盘集合竞价，仅接受限价单且不可撤单，最终确定收盘价。竞价交易单笔申报最低100股，超过部分可1股递增，卖出时不足100股需一次性卖出，单笔申报上限为100万股，日常涨跌幅限制为30%，新股上市首日不设涨跌幅但有临时停牌机制。
大宗交易是为大额交易设置的专属方式，单笔申报数量不低于10万股或交易金额不低于100万元即可采用，申报时间为每个交易日9:15至11:30、13:00至15:30，成交确认时间为15:00至15:30。大宗交易价格由买卖双方协商确定，有涨跌幅限制的股票在当日涨跌幅范围内定价，无涨跌幅限制的股票则在前收盘价70%至130%区间或当日成交高低价范围内定价。该方式不影响盘中实时行情与价格，成交数据盘后单独披露，能避免大额买卖单冲击市场价格，适合机构、大股东等进行大额股份转让，降低大额交易的市场冲击成本。
盘后固定价格交易是收盘后的补充交易方式，申报时间覆盖9:15至11:30、13:00至15:30，交易时间为15:05至15:30，以当日收盘价作为唯一成交价，按时间优先原则撮合。此方式适合不想参与盘中竞价、希望以收盘价稳定成交的投资者，可减少盘中波动干扰，满足部分投资者稳健成交的需求，目前规则已完善并常态化运行，与大宗交易形成盘后两种不同需求的交易补充。
协议转让属于特殊场景下的交易方式，主要用于收购、股份权益变动、引进战略投资者等情形，需向北交所申请并获批后执行。协议转让不在常规交易时段进行，价格与数量由双方协商确定，需符合北交所特定规则与信息披露要求，不属于日常普通投资者的交易选择。经证监会批准，北交所竞价交易可引入做市商机制，做市商持续发布双向报价并履行成交义务，进一步提升市场流动性，但目前尚未全面推行。
